Il gioco presenta il Pokémon leggendario Giratina come mascotte. In questo gioco è possibile catturarlo nel Mondo Inverso (Distortion World) allo stesso livello dei leggendari Dialga e Palkia. Inoltre, viene introdotta una forma alternativa di Giratina, Forma Originale (オリジンフォルム, Orijin Forumu?), mentre la sua forma presente in Diamante e Perla viene rinominata Forma Alterata (アナザーフォルム, Anazā Forumu?).[5] Il fulcro della storia è un improvviso cambiamento climatico nella regione di Sinnoh. Il raffreddamento è causato da un portale per il Mondo Distorto (やぶれたせかい, Yabureta Sekai?) aperto in cima al Monte Corona. L'abbigliamento degli allenatori è stato modificato per adattarlo alla nuova situazione climatica.[6]
Come Giratina, anche il Pokémon Shaymin ha una forma alternativa, di tipo Erba/Volante, chiamata Forma Cielo (スカイフォルム, Sukai Forumu?). Se trasferito nei primi due titoli della quarta generazione nella sua forma alternativa, Shaymin tornerà alla sua forma originaria chiamata Forma Terra (ランドフォルム, Rando Forumu?).[7] All'interno della regione di Sinnoh sono disponibili Regirock, Regice e Registeel oltre che i Pokémon leggendari della prima generazione Articuno, Zapdos e Moltres. È stato inoltre modificato il Pokémon Rotom: in questa versione può assumere altre cinque differenti forme (Calore, Lavaggio, Gelo, Vortice o Taglio) e apprendere una mossa tra Vampata (Fuoco), Idropompa (Acqua), Bora (Ghiaccio), Eterelama (Volante) o Verdebufera (Erba) se portato all'interno del nascondiglio del Team Galassia situato ad Evopoli (Eterna City).
Il Parco Lotta, introdotto in Pokémon Smeraldo, compare nuovamente in questo gioco. Inoltre, una nuova località chiamata Piazza Wi-Fi permette al giocatore di sfidare altri giocatori tramite la Nintendo Wi-Fi Connection cimentandosi in divertenti minigiochi.
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